Kierunek ten jest w ofercie WSHE już od 2004 roku. Studia na poziomie licencjata przygotowują studentów do pracy w zawodzie nauczyciela wychowania fizycznego w szkołach podstawowych i gimnazjalnych. Absolwenci uzyskują również uprawnienia prowadzenia zajęć z gimnastyki korekcyjno-kompensacyjnej oraz instruktora odnowy biologicznej.

Na kierunku wychowanie fizyczne w WSHE studiuje wielu sportowców, w tym m.in. maratończyk Patryk Domińczak, bokser Marcin Madaj, kolarze Łukasz Owsian, Rafał Rynkowski i Dorian Bartkiewicz, siatkarki z AZS WSHE – brązowe mistrzynie tegorocznej Regionalnej Ligi Piłki Siatkowej Kobiet. Ostatnio, w pierwszą sobotę czerwca w Hali Mistrzów odbyła się po raz pierwszy we Włocławku Gala MMA PROFIGHT6. W walce otwierającej te zawody wystąpił Tomasz Straszewski, zawodnik Klubu Sportów Walki Włocławek, student I roku kierunku wychowanie fizycznego włocławskiej uczelni.