Najwyższa Izba Kontroli sprawdziła, jak instytucje państwowe radzą sobie z projektami melioracji w ramach unijnego Programu Rozwoju Obszarów Wiejskich 2007 - 2013. Kontrolerzy zbadali Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi, Agencję Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, urzędy marszałkowskie oraz wojewódzkie zarządy melioracji i urządzeń wodnych.

Pomimo angażowania coraz większych środków finansowych z budżetu krajowego i UE z roku na rok przybywa urządzeń melioracyjnych, które wymagają modernizacji lub nawet odbudowy. Dotyczy to już ok. 22 procent cieków naturalnych, 27 procent kanałów i aż 41 procent wałów przeciwpowodziowych. To oznacza, że tempo niszczenia i dekapitalizacji jest szybsze niż prace nad ich utrzymaniem i rozbudową.

Do końca czerwca 2011 r. wojewódzkie zarządy melioracji i urządzeń wodnych złożyły urzędom marszałkowskim 348 wniosków o przyznanie pomocy finansowej na rozbudowę i modernizację odpowiednich urządzeń. Samorządy wydały do tego czasu 260 decyzji, przyznając pomoc w kwocie ponad 828,7 mln zł, z czego większość (621,5 mln zł) pochodzi z unijnych środków Programu (do czerwca 2011 r. wykorzystano z niego 127 mln zł).

Chociaż Program obowiązuje od 2007 r., to pierwsze wnioski o dofinansowanie projektów od wojewódzkich zarządów melioracji i urządzeń wodnych mogły napływać do samorządów dopiero w maju 2009 roku. Przyczyny tego opóźnienia są różne. Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi z półroczną zwłoką wydał rozporządzenie dotyczące warunków przyznawania pomocy finansowej w ramach „Poprawiania i rozwijania infrastruktury związanej z rozwojem i dostosowywaniem rolnictwa i leśnictwa przez gospodarowanie rolniczymi zasobami wodnymi”. Jeszcze dłużej, bo do stycznia 2009 r., trwało uzgadnianie treści umów między samorządami a Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, dotyczących podziału zadań w ramach Programu. Do czerwca 2009 r. trwało postępowanie akredytacyjne w sprawie uruchamiania środków UE. Przedłużało się także ustalanie źródła finansowania podatku VAT.

W konsekwencji tych opóźnień część dokumentacji technicznej przygotowanej przez wojewódzkie zarządy melioracji i urządzeń wodnych straciła ważność i konieczne było poniesienie dodatkowych nakładów finansowych. Ponadto samorządy nie zdążyły wykorzystać części środków przeznaczonych z budżetu na rok 2009.