Wśród zadań agencji znalazły się również promowanie potencjału gospodarczego i inwestycyjnego regionu, wspieranie komercjalizacji wyników badań naukowych i wynalazków powstających w pracowniach naukowców, kreowanie i wspieranie szeroko rozumianej innowacyjności, a także tworzenie warunków do rozwoju regionalnych klastrów i sieci kooperacyjnych.

Założone działania to między innymi budowanie systemu współpracy naukowców i przedsiębiorstw oraz  systemu wsparcia innowacyjności i wdrożeń, a także uruchomienie centrum badań na rzecz przedsiębiorczości i innowacyjności i doradztwo na rzecz przedsiębiorstw i instytucji badawczych, dotyczące pozyskiwania środków na działalność innowacyjną. 

Spółka przygotowuje obecnie dwa duże projekty. Pierwszy z nich, w których partnerem KPAI jest Toruńska Agencja Rozwoju Regionalnego, dotyczy rozwoju powiązań kooperacyjnych (KPAI odpowiada w nim za segment kooperacji w dziedzinie badań i wdrożeń). Drugi, wielomodułowy projekt to fundusz badań i wdrożeń, związany z finansowaniem innowacyjnych przedsiębiorstw oraz budowaniem warunków współpracy naukowców i przedsiębiorców na rzecz wspólnych projektów badawczo-rozwojowych.

Zorganizowanie KPAI – która jest spółką z ograniczoną odpowiedzialnością z kapitałem zakładowym 135 tysięcy złotych -  jest pierwszym widocznym efektem misji pełnomocnika zarządu województwa ds. rozwoju nauki, badań i wdrożeń profesora Bogusława Buszewskiego. Jako pełnomocnik prof. Buszewski pozostaje odpowiedzialny za politykę innowacyjną i naukowo-wdrożeniową samorządu województwa, nadal też będzie doradzał zarządowi województwa w tej sferze.