W pięćdziesięcioosobowym zespole który między innymi zatwierdza metodykę i kryteria wyboru projektów oraz wszelkie propozycje zmian w programie, zasiadają reprezentanci samorządu województwa i pozostałych struktur samorządu terytorialnego oraz rządu, a także przedstawiciele związków zawodowych, biznesu, środowisk naukowych i organizacji pozarządowych. Komitetowi przewodniczy marszałek Piotr Całbecki.

Do Komitetu Monitorującego desygnowały swoich przedstawicieli między innymi ZIT wojewódzki i Unia Metropolii Polskich; wojewódzkie konwenty wójtów, burmistrzów i starostów; Wojewódzki Urząd Ochrony Zabytków; NSZZ Solidarność, Ogólnopolskie Porozumienie Związków Zawodowych i Forum Związków Zawodowych; Pracodawcy Pomorza i Kujaw i regionalne struktury Business Centre Club; Caritas Diecezji Toruńskiej i Kujawsko-Pomorska Federacja Organizacji Pozarządowych; publiczne wyższe uczelnie.

Komitet ma w swoim składzie również przedstawicieli z głosem doradczym (bez prawa głosowania). W tej grupie są między innymi szefowie placówek medycznych oraz przewodniczący Wojewódzkiej Komisji Urbanizacyjno-Architektonicznej.