Zgodnie z założeniami kluczowe znaczenie w procedurze kontraktowania świadczeń zdrowotnych miały mieć dwa etapy: rankingowy i negocjacyjny - dzięki nim pacjent miał otrzymywać możliwie najlepsze świadczenie za możliwie najniższą cenę. Kontrola NIK wykazała jednak, że w przypadku lecznictwa szpitalnego oraz lecznictwa specjalistycznego tryb kontraktowania jest obarczony wieloma wadami.

W publicznym lecznictwie szpitalnym, sens kontraktowania wypacza to, że przyznawana na ostatnim etapie procedury cena za punkt rozliczeniowy (miara służąca do rozliczenia oferowanego świadczenia) jest stała i tak naprawdę nienegocjowalna, bez względu na jakość oferty przedstawionej na wcześniejszych etapach postępowania. W efekcie praktycznie wszystkie szpitale publiczne, które zgłosiły oferty, podpisują umowy, a etapy wcześniejsze, np. ranking placówek uwzględniający jakość oferowanych świadczeń, nie mają większego znaczenia.

Z kolei w przypadku ambulatoryjnej opieki specjalistycznej ranking jakościowy (sam w sobie niedoskonały, bo oparty na jakości deklarowanej w ofercie, nie zawsze zgodnej z rzeczywistą jakością placówek), jest przekreślany i kwestionowany na etapie negocjacji, w którym jedynym liczącym się kryterium są ceny procedur, zaproponowane przez świadczeniodawców. Na ich podstawie komisje negocjacyjne ustalają zupełnie nowy ranking i według własnych, zmiennych reguł (często przekazanych przez przełożonego ustnie)  arbitralnie przydzielają kontrakty, narzucając warunki i ostateczne ceny. Odmowa podpisania propozycji Funduszu przez świadczeniodawcę jest równoznaczna z rezygnacją z kontraktu. Zdaniem NIK trudno ten sposób postępowania określić mianem negocjacji.

Kumulacja postępowań prowadzonych w ostatnim kwartale roku i konieczność podpisania w ograniczonym, krótkim czasie tysięcy umów ze świadczeniodawcami, powoduje wiele nieprawidłowości, zarówno na etapie oceny ofert, jak i negocjacji, skutkujących niejednokrotnie zawarciem kontraktu z podmiotami, które nie gwarantują odpowiednich warunków realizacji świadczeń.

Kontrola NIK wykazała przypadki podniesienia przez Fundusz, z własnej inicjatywy, liczby zakontraktowanych świadczeń zdrowotnych, ceny za punkt rozliczeniowy czy też  jednostronnego zmniejszenia przez świadczeniodawcę liczby wykonywanych świadczeń, zmiany obsady personelu i godzin przyjmowania już po kilku miesiącach od zawarcia kontraktu. Podniesienie ceny świadczeń oznaczało często powrót do ceny proponowanej w ofercie lub nawet cenę wyższą, co było całkowitym zaprzeczeniem sensu ustalania zakresu kontraktu podczas negocjacji. NIK zauważa, że przepisy dopuszczają przeprowadzanie kolejnych, po tzw. konkursach głównych, postępowań, jednak podkreśla, że może prowadzić to do arbitralnego wzmacniania celowo dobranych świadczeniodawców. 

NIK zauważa, że wprowadzane aktualnie zmiany w formule kontraktowania stanowią realizację części uwag, zgłoszonych w trakcie kontroli (np. nowelizacja ustawy o świadczeniach opieki zdrowotnej, która doprecyzowuje m.in. pojęcia ciągłości i kompleksowości udzielanych świadczeń, umożliwia odrębne kontraktowanie świadczeń specjalistycznych dla grupy poradni przyszpitalnych i precyzuje, że w przypadku ryzyka braku zabezpieczenia świadczeń kontrakt może być przedłużony maksymalnie o sześć miesięcy).

Biorąc jednak pod uwagę wyniki analizy obecnej formuły kontraktowania NIK rekomenduje Ministrowi Zdrowia rozważenie podjęcia daleko idących reform. Zdaniem NIK konieczna jest gruntowna, rzetelna i niezwłocznie przeprowadzona analiza dostosowania potencjału szpitali do rzeczywistych potrzeb pacjentów. NIK rekomenduje także wypracowanie takiego sposobu kontraktowania świadczeń, w którym najważniejsze kryterium stanowić będą jakość i dostępność świadczeń rzeczywiście oczekiwanych przez pacjentów z danego terenu. Pozwoli to uwolnić zawieranie umów ze szpitalami od lokalnych nacisków.